风扇的轴承可谓是散热器的心脏。目前，较普遍的是液压(含油)轴承、单滚珠轴承和双滚珠轴承。
液压的风扇主要是内层含有油,属于滑动摩擦。一旦油消耗完后散热效果极差，转速明显降低，并且有噪音。这种风扇寿命相对短，和它的低价格成正比。不过新一代液压轴承通过自补油技术，使使用寿命有了较大提升，基本上能够达到3万小时以上，已经能够满足多数应用需要。百元以内散热器通常使用这种轴承。
滚珠的风扇是内层有一个/两个滚珠轴承,属于滚动摩擦。这种设计摩擦系数小，转速比较高，因而可以带来更好的散热效果。此外损耗小,寿命更长，常常会有使用寿命达到15万小时之多的产品。当然价格也较高，而且噪音上也不如液压轴承。百元以上散热器通常使用这种轴承。
低端产品采用的含油轴承，由多孔性金属材料制造，可吸收并涵养润滑油，减轻磨损。此工艺成本低廉，寿命最高约为3万小时。过了使用寿命之后，随着落尘和油剂的挥发，会令轴承噪音增大，风扇转速减慢。单滚珠轴承由滚珠轴承和含油轴承组成。此技术工艺成熟，难点在于保证两个轴承共轴。风扇寿命普遍在4万小时以上。由于其较好的噪音控制和散热效率，此类轴承一直占据散热器市场的绝对优势。双滚珠轴承更将产品寿命提升至15万小时。并且随着滚珠与轴承的磨合，初用时较大的噪音会逐渐降低，显示出其优秀的散热性能。